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A.ＤＮＡの塩基配列をドットマトリックスを使ってつなぐ。

エクスプローラーで、ＣＤ上のE:\Bioinfoの中になるbioeditというフォルダをマイドキュメントに移動する。方法:CD-ROMのフォルダを開く。（復習）
その中のBioinfoフォルダをダブルクリック
その中のbioeditフォルダをダブルクリックする。その中に　Bcopy.batというファイルがあるので、そのアイコンをダブルクリックする。
そうするとフォルダーのコピーが始まる。コピーが終わったら、エクスプローラーでマイドキュメントフォルダ内部を表示する(復習）。
その中のbioeditというフォルダをダブルクリックする。
その中のｂioedit.exe を起動する。方法は、bioedit.exe アイコンをダブルクリック
下のようなメニューを持つ画面が現れる。この画面の一番端の部分をマウスの左ボタンを押しながら、マウスを動かし、画面を適切な大きさにする。

B.塩基配列データを呼び込む。

このアプリケーションから、同じフォルダ内にあるA_209_C05_14d1_034.abiを開く。方法は、先ほどの画面の左上のメニューのFileをクリックすると、プルダウンメニューが表示される。そのまま、矢印（ポインター）をOpenまでずらし、クリックする。
次に表示できるファイルの種類を変更する(全てのファイルか、.abiと拡張子がついたファイルが見えるようにする）。新たに表示された画面において、ファイルの種類の部分をAll files (*.*)にマウスを使って変更する。
A_209_C05_14d1_034.abiというファイルのアイコンをダブルクリックする。ＤＮＡの蛍光強度の画面が表示される。この画面の右上のアンダーバーのマークをクリックしてこの画面を小さくしておく。
配列が記された画面が現れる。
次の配列を読み込む。以下のように行うこと。
次に同じフォルダ内にあるB_225_xxxxxxx.abiをFile->Import->Sequence alignment file を使って開く。方法：再びBioeditの画面の左上のFileをクリックすると、メニュー（プルダウンメニュー）が表示される。そのまま、ポインターをImportまでずらす。そうすると右側に、Sequence alignment file というメニューが現れるのでそこにマウスを移動してクリックする。
新たに表示された画面に置いて、前回と同様にファイルの種類の部分をAll files (*.*)にマウスを使って変更する。
今回はＡではなく、B_225_B01_14d2_009.abiをダブルクリックする。
ＤＮＡ塩基配列の画面に2種類のデータが表示される。

C.塩基配列の相同な部分を見つける。

配列Ａと配列Ｂは塩基配列を決定した方向が逆なので配列ＢはＡの相補鎖になるので（下図参照）、Ｂの方向を変換する必要がある。
はじめに、配列Ｂを相補的な配列に変更する。ＤＮＡ配列を表示した画面の左側の１４ｄ２と書いてある部分（塩基配列のサンプル名）をクリックする。
BioeditのメニューのSequenceをクリックし、プルダウンメニューを表示。下のほうにある、Nucleic Acidにポインターをあわせる。するとその右にさらにメニューが出るので、そのままマウスを右に動かし、新しいメニューに到達したら、下に動かし、上から3番目のReverse　Complementをクリックする。そうするとＢの配列（１４ｄ２）が相補的な配列となる。
ようやく、相同な部分を見つけるところに来ました。まず、キーボードの左下端の　Ctrl　と書いてあるキーを左手で押しながら、マウスを使って、Ａの配列（１４ｄ１）の名前の部分をクリック。すると2つの配列のどちらの名前も反転した状態になります。Ｂの配列（１４ｄ２）が反転していなければ、Ctrlキーを押しながら、同様な作業を行う。
BioeditのメニューのSequenceをクリックし、プルダウンメニューを表示させる。下のほうにある、Dot plotにポインタをあわせクリックする
以下の画面が表示されるので、ＯＫをクリック
計算している間、少し待つ。やがて以下の画面が現れるので、ＯＫをクリック
少し待つと以下の画面が表示される。右の線が表示されない場合は、表示サイズを少し大きくするかスクロールバーを使って、画面の右側を表示させる。この直線の部分がＡとＢが一致している部分である。左から右の番号がＡの塩基配列を表し、上から下の番号がＢの塩基配列を表している。この場合、Ａの３８０－９５番目付近の配列が、Ｂの先頭の配列と一致する。
次に、塩基配列を画面上で動かします。ＤＮＡの配列の画面（下図）に戻って、まず、下図に示した部分（G/D）をクリック。そうするとModeがGrab＆Dragに変わります。
Ｂの配列（14d2）の一番左のＤＮＡの配列”G”にマウスポインタを移動する
その上に来たら、左ボタンを押しながらマウスを右に動かすとＢの配列が動く。
Ｂの配列の一番左のＤＮＡ塩基を３９３番目に移動させるとうまくあう。（注、配列の上にマウスのポインターを持っていくと、その塩基が配列の先頭から何番目か表示される。次のCやDを並べる際に有効）
うまくあわせることができたら、以下のようにしてマイドキュメント（Z:ドライブ）のbioeditフォルダ内にデータを保存する。
下の図のように左の南京錠のマークをクリックし、鍵がかかった状態にする。(下図）
（保存後、アプリケーションを終了せずに再び編集を行う場合は、いったん左の南京錠のマークをクリックし、鍵がかかっていない状態にすること。）
メニューのFileをクリックし、プルダウンメニューを表示させる。上から7番目のSave asにポインタをあわせクリックする
以下の画面が出るので、以下のようにマイドキュメント（Z:ドライブ）にAB.fasというファイル名のファイルの種類はfastaにして保存する。
これで、保存は完了である。
この保存したものから、再びbioeditで編集する場合は、ファイルを開いた後、南京錠のアイコンを２回クリックすること。見るだけならこの必要はない。空白の部分がーのままだと編集できない場合があるので～にすること。
予備　　次に、Ｃの配列をimportして、Ｂの配列とのドットプロットを表示させ合わせる。Reverse complementの部分は不要。BとCの配列で塩基が一致した部分をドットで表すにはBの配列の名前の部分（左端）を右クリックする。
予備　　さらに、Ｄの配列をimportして、Reverse complementの後、Ｃの配列とのドットプロットを表示させる。最後にFile->Save Asによマイドキュメントに、ファイルの種類はfastaにして保存する。

D　ＣＡＰというプログラムを使って自動でつなぐ。

マイドキュメントを開く(下図参照)。中のbioeditフォルダをダブルクリック。
ここで、ＣＡＰを起動する。マイドキュメントのbioeditフォルダ内のCAPrun.batファイルのアイコンをダブルクリックする。
もし以下の画面が現れ、Press Return To Exitと表示されたらenterキーを押す。
マイドキュメントのbioeditフォルダ内に、capout.fasというファイルができる。これがこのプログラムの出力である。Bioedit.exeでこの出力ファイルを開く。Bioedit.exeのメニューのFileをクリックし、次にOpenをクリックすると
、ファイル選択画面が出てくるので、ファイルの場所がbioeditになっていなければ、マイドキュメント（Ｚドライブ）に変更し、さらにその中のbioeditをダブルクリック。ファイルの種類をAll files(*.*)に変更する。(復習）そうすると画面上にcapout.fasが表示されるのでそのアイコンをダブルクリック。そうするとＤＮＡ配列画面が表示される。
その後以下の部分をクリックして色をつける。
一番下の塩基配列が、4つの配列をつなぎ合わせて1つの配列にしたものである。スクロールバーを使って、配列がうまく結合されているかを確認する。先ほど手でつなぎ合わせた配列を表示し、比較する。方法は、メニューのファイルをクリックし、次にImportをクリック、そうすると右側に、Sequence alignment file というメニューが現れるのでそこにマウスを移動してクリックする。
ファイル選択画面が出てくるので、ファイルの場所を、マイドキュメントに変更し、ファイルの種類をAll files(*.*)に変更する。そうすると画面上にAB.fasあるいは上で各自が保存したファイル名が表示されるのでそのアイコンをダブルクリックする。そうするとＤＮＡ配列画面が先ほどの下に表示される。
Contig-0のみ、新しいファイルに保存する。方法は、まずbioedit上で、contig-0以外の配列の名前の部分を選択し、メニューのEditをクリックし、プルダウンメニューのDelete sequence(s)をクリックする。その後、Ab.fasを作成したときと同様にファイルを保存する。ファイルの名前はcontig.fasにする。